实质上，孤独症是一种系列症，具体称为自闭系列症（Autistic Spectrum Disorders）,根据不同的标准区分不同的临床亚型。

典型意义上的孤独症与非典型孤独症

    典型意义上的孤独症(Autistic Disorder)指的是在人际关系、语言交流以及行为兴趣方面的全面障碍，一般在三岁前发病。它是自闭系列症中最严重的一种。而非典型意义上的孤独症起病年龄一般不典型，又或是症状不典型，在某些领域中表现正常。因此，后者可以理解为较为轻度的孤独症。再具体一点说，非典型意义上的孤独症，包括了脆性X综合症(Fragile X Syndrome)；弥漫性发展迟缓(Pervasive Developmental Disorders,NOS)和爱斯伯格综合症(Asperber's Syndrome)等，这三种病症加上典型意义上的孤独症，都归属于DSM中的广泛性发展障碍(PDD)类别中。

折线型孤独症与非折线型孤独症

    折线型孤独症(Knick Type Autism)指在发育过程中出现了发育退行，主要强调语言发育的退行。具体指两岁前己学会的语言在以后的病程中逐渐消失。约占孤独症患儿的22.4%到37.2%。日本学者小林发现，折线型的孤独症无性别差异。确定折线型的标准是，两岁前发育正常或者接近正常，乳幼儿早期学会的语言逐渐消失，对外界的关心逐渐减少等全面退行性变化。而非折线型孤独症则无出现退行的情况。

高功能孤独症与低功能孤独症

    孤独症从功能上可以划分为高功能孤独症（High-functional Autism）和低功能孤独症(Low-functional Autism)两类。轻度智力损伤或正常的，能够适应学校教育环境的称为高功能孤独症；把中度或重度智力损伤的称为低功能孤独症。这是目前我国多数医院所采用的分类标准。其中男性多为高功能孤独症，女性多为低功能孤独症。另外，从教育角度分类，将其分为孤独症和边缘性孤独症，前者满足对孤独症诊断的三条标准（社会交往障碍、情绪障碍和行为障碍），后者满足其中某些标准或程度较轻。